L’historien s’intéresse aux origines des lettres québécoises, de la Nouvelle-France au XIXe siècle. Il a fondé en 1991 le projet de recherche «Archéologie du littéraire au Québec» (ALAQ). Le dernier volet de ce chantier porte sur «L’Archéologie de l’humour au Québec. XVIIe-XIXe s.»

Ses travaux en littérature française et en théâtre québécois, sur le pamphlet, la polémique et l’histoire littéraire sont parus dans  Voix & images, Études littéraires, le Dictionnaire des oeuvres littéraires du Québec, Les Cahiers de Dix , l’Atlas littéraire du Québec et divers périodiques français, américains et brésiliens dont Littérature, la Revue d’histoire littéraire de la France, L’Esprit créateur et Artexto.

Son premier roman La Trouble-fête (Leméac, 1986) est suivi de pièces de théâtre (La Doublure, Guérin: 1988; Rien à voir, XYZ: 1991) et d’un recueil de nouvelles (D’ailleurs, XYZ:1992), il publie alors également des essais dont:

• à Paris, Profils du personnage chez Claude Simon (Éditions de Minuit, 1992)
• à Montréal, Écrire le Québec: de la contrainte à la contrariété ( XYZ, 1990, réédition revue et augmentée en 2001 et traduite en portugais sous le titre : Coerção e subversão: o Quebec e a América latina (Porto Alegre, Universidade federal do Rio Grande do Sul Editora, 1999).

Par la suite, Bernard Andrès fait paraître avec Zila Bernd l’ouvrage collectif : L’identitaire et le littéraire dans les Amériques (Nota Bene, 1999).

Il donne aussi en 2000 la biographie romancée de Pierre de Sales Laterrière (1743-1815), libre-penseur, médecin et mémorialiste, sous le titre L’énigme de Sales Laterrière (Montréal, Québec-Amérique, 872 p.). Pour ce livre, Bernard Andrès est lauréat du Prix Marcel-Couture du Salon du Livre de Montréal (novembre 2000).

En 2001, Bernard Andrès publie avec Nancy Desjardins Utopies en Canada:1545-1845 (Université du Québec à Montréal, 196 p.), dans le cadre de son projet de recherche CRSH sur « l’Histoire littéraire de l’utopie au Québec ».

Il a co-organisé l’événement multimédia « Images d’un changement de siècle (1760-1840) », tenu de janvier à mai 2000 au Musée du Château Ramezay de Montréal. Cette manifestation fut suivie d’un colloque dont les actes sont parus en 2002 sous la direction de Bernard Andrès et de Marc André Bernier: Portrait des arts, des Lettres et de l’éloquence au Québec: 1760-1840, Presses de l’Université Laval (collection « La République des Lettres », 511 p.).

À l’automne 2003, Bernard Andrès fait paraître Les Mémoires de Pierre de Sales Laterrière, suivi de Correspondances. Édition commentée, Montréal, Triptyque, 2003, 320 p.

À l’hiver 2004, le Conseil des Arts du Canada lui attribue la bourse de recherche Killam, dans la catégorie « Études littéraires », pour la rédaction d’une « Histoire littéraire des Canadiens au XVIIIe siècle » (essai publié en 2012).

En juillet 2006, il coorganise à La Havane, un événement commémoratif pour le tricentenaire de la mort de Pierre Le Moyne d’Iberville (1661-1706), héros de la Nouvelle-France, mort à Cuba. À cette occasion, Bernard Andrès présente avec Patricia Willemin l’exposition « Pierre Le Moyne d’Iberville : le rêve d’une Amérique française », reprise à Montréal en décembre 2006 au Musée du Château Ramezay.

En 2007, il publie avec son équipe une anthologie des premiers  textes littéraires canadiens : La Conquête des Lettres au Québec : 1759-1799 (Presses de l’Université Laval, 2007), ainsi que son troisième roman, Fidel, D’Iberville et les autres (Québec-Amérique, 2007), tout en collaborant à l’ouvrage collectif dirigé par Pierre Monette : Rendez-vous manqué avec la révolution américaine. Les adresses aux habitants de la province de Québec diffusées à l’occasion de l’invasion américaine de 1775-1776 (Québec Amérique, 2007).

La même année, chez le même éditeur et en collaboration avec le sociologue Gérard Bouchard, Bernard Andrès publie l’ouvrage collectif Mythes et sociétés des Amériques.

On lui doit aussi, en collaboration avec Patricia Willemin-Andrès, Journal du siège de Québec […] en 1759 (PUL, 2009, repris en 2018) et La guerre de 1812. Journal de Jacques Viger (PUL, 2012). Des extraits de ce journal leur inspirent une production vidéo qu’ils scénarisent et interprètent en 2013 : Jacques et Marguerite Viger : Une correspondance de guerre (1812-1813).

Son essai Histoires littéraires des Canadiens au XVIIIe siècle (PUL, 2012) fait la synthèse de ses recherches sur l’archéologie littéraire du Québec. Ce livre a obtenu le Prix Gabrielle-Roy de l’Association canadienne des littératures canadiennes et québécoise. Réédition en format poche (PUL, 2020).

De 2008 à 2016, Bernard Andrès a dirigé la collection des Presses de l’Université Laval : « L’archive littéraire au Québec »; douze titres y sont parus.

Chez le même éditeur, il publie en 2018 l’essai, L’humour des Poilus canadiens-français dans la Grande Guerre » et, chez le même éditeur, il réédite avec Patricia Willemin-Andrès, Journal du siège de Québec […] en 1759 (version mise à jour et augmentée).

En 2020, Bernard Andrès réédite en format poche Histoires littéraires des Canadiens au XVIIIe siècle et, la même année, il publie chez Fides, avec Pierre Hébert et Alex Gagnon, l’ Atlas littéraire du Québec

En 2021, il codirige avec Yen-Maï Tran-Gervat Études littéraires et Humour Studies. Vers une humoristique francophone, Paris, Presses Sorbonne nouvelle, 2021.

En 2022, il donne avec Zila Bernd et Vinesh Y. Hookoomsinh D’Haïti aux Trois Amériques. Hommage à Maximilien Laroche, Québec, GRELCA, Collection « Essais » (n^o 22), 2021, 330 p. (accessible en ligne).

Toujours en 2022, il conçoit et anime pour l’Association internationale des études québécoises (AIEQ) la série d’entrevues «Voyage en littérature québécoise » : il y reçoit des spécialistes en poésie, théâtre, roman policier, écritures des femmes, productions autochtones, littérature migrantes, censure littéraire, etc. Basée sur l’Atlas littéraire du Québec (2020) et réalisée par Pierre Fraser, cette série de vidéos et de balados est accessible depuis 2023 sur YouTube et Spotify via, notamment, l’Académie des lettres du Québec où Bernard Andrès a été reçu en 2021.